旧清水市楠、鳥坂の各一部※楠は一部が瀬名川三丁目に、鳥坂も一部が東瀬名町および瀬名一丁目に編入されている）駿河区（長田、丸子、国吉田地区と旧静岡市東海道線より南の地域と旧清水市谷田、草薙の各一部※いずれも町域で谷田に編入されている）清水区（旧清水市の全域（楠、鳥坂、谷田、草薙の各一部を除く）、旧庵原郡蒲原町、由比町の全域）静岡市・清水市合併協議会において、合併後に東静岡駅周辺に新しく事務所を建設することが決定した。新市発足時にも、地方自治法第四条の1の規定に基づく市の事務所の位置は条例において、本則では新事務所建設予定地であった「静岡市長沼663番地の9」（制定時の地名、NTTドコモ静岡ビルの東隣）とし、附則として、完成するまでは暫定的に「静岡市追手町5番1号」（同、静岡庁舎の位置）と定めた。しかし静岡市長小嶋善吉は2008年12月、老朽化した草薙体育館を新事務所建設予定地に移転するよう静岡県知事石川嘉延に求め、新事務所の建設予定は白紙撤回された。
パブリックコメントや市議会（特別議決）を経て、2009年4月1日施行の市条例において、同附則を削除し、本則を「静岡市葵区追手町5番1号」（静岡庁舎の位置）と改めた。静岡市は、行政組織に局制を採用している（同クラス自治体の静岡県と浜松市は部制を採用している）。なお合併から政令指定都市移行までは部制を採用していた。現在の静岡市は、以前の静岡市（旧静岡市）と清水市（旧清水市）の新設合併（静清合併（せいせいがっぺい））により、2003年4月に発足した。市の名称については、合併の際の合併協議会の多数決により「静岡市」となった。したがって現静岡市は、制度上旧静岡市とは別個の自治体である。同様の例は数多くあり、県内では磐田市、掛川市、袋井市（いずれも2005年4月1日合併）や島田市（2005年5月5日合併）等があげられる。2005年4月1日には、さいたま市（2003年4月移行）に続いて全国で14番目の政令指定都市に移行した。2006年3月31日には蒲原町を編入し、これによって飛地が発生した。
これは、同じく庵原郡由比町では新静岡市との合併が議会で否決され、富士川町では合併相手として新静岡市を選ぶ割合が少数派だったためである。ただし、由比町では住民投票で合併賛成派が多数となった。2007年4月22日の由比町長選挙では合併推進の現職が当選、町議会議員選挙でも合併推進派が過半数となった。これに伴い、5月1日の由比町議会で、5月14日から合併推進室を設置することが可決された。これに基づき、「静岡市・由比町合併協議会」を再度設置して協議が進められ、2008年11月1日に合併することで双方が合意した。12月5日に合併調印式を開催。2008年11月1日には由比町を編入し、飛地を解消した。葵区郊外の安倍川上流の地区は、日本で緑茶栽培業が興った土地でもある。これ以降、安倍川上流の郊外部では緑茶栽培業が盛んになり、江戸時代には徳川将軍家に献上する御用茶の栽培が行われた。北原白秋作詞の『ちゃっきり節』は、地元鉄道会社（現静岡鉄道）のコマーシャルソングとして作られたが、今では茶どころ静岡の新民謡と言える。
また、ワサビ栽培業の発祥地も、奥安倍の有東木（うとうぎ）地区である。また、足久保地区は、日本で初めて緑茶が植えられた地である。静岡駅周辺は、大型店や商店街、公共施設や鉄道駅の間に有効的な回遊性・回廊性を持っており、効率的に集積した構造の商業地区となっている。2006年度の調査では富士市から御前崎市までの約160万人が基本的な商圏人口であると発表された（2006年度は西武百貨店静岡店が撤退し、静岡パルコが開店する前の空白期間である）。2007年3月に開店した静岡パルコに加え2007年10月に開店したSHIZUOKA109や、2011年10月出店の東急ハンズ、その他の商業施設再開発計画などにより、更に商圏が拡大する可能性がある。市街地が密集しており、人通りも多いことから今後さらに商業施設ができると考えられる。旧静岡市の郊外大型ショッピングセンターの市民一人あたり床面積は全国でも最少水準である。これは旧大規模小売店舗法時代に地元の商業関係者の反対活動によりなかなか出店ができなかった影響である。
大規模小売店舗立地法になってからは企業私有地の有効活用などで徐々に増えてきたが、もともと平野部の人口密度が高く、安価で大規模な開発用地が残されていないため店舗面積3万平米を越えるような大型ショッピングセンターは未だに建設されていない。 このような旧静岡型の商業体系は閉鎖的であるとかつては批判されていたが、時流が変わり結果的にそれが中心商店街の活性化維持に繋がった。 しかし一方で、旧静岡地区全体の商業販売高の減少率は郊外店舗が展開する近隣地域より大きく、今後に課題を残している。 なお、2008年に東静岡駅前に三菱地所が約26000平米の敷地に大型商業施設を建設する計画が浮上した。建築規模は未定だが、市内初の30000平米超の店舗面積になる可能性が高い。改正都市計画法により郊外開発が大幅に制限される一方で、東静岡駅周辺は改正都市計画法による出店規制を受けない商業地域、近隣商業地域に用途指定されているために高度利用が可能な大規模開発用地として注目が集まると予想される。
こういった開発が想定されるなかで中心市街地には如何に独自性を保ち、それら開発案件と共存していくか、など新たに浮上する課題もある。呉服町：静岡駅寄りのニ丁目は静岡県内最大の繁華街。空き店鋪がほとんどなく人通りも多い。一丁目には静岡銀行の本店があるものの、静岡伊勢丹と静岡銀行本店との間の区間は、静岡駅からもっとも離れており、人通りは比較的少ない。紺屋町（こうやまち）：静岡駅開業と共に発達した街。直下に小規模な地下街があり、駅に直結している。静岡駅前地下街爆発事故以降、通りの再開発が進み、静岡パルコの開業とも相まって、一時少なくなっていた地上部分の人通りが最近は多くなっている。御幸町：静岡市において老舗と呼べる百貨店松坂屋、その裏手にある丸井が買い物客を吸引する大きな力となっている。特に90年代半ばの丸井静岡店の増床改築により、若年層の買い物客をさらに集めているほか、隣接する伝馬町に109が開業したことから、現在においては一番活気のある場所とも言える。
七間町：旧東海道沿いの映画館や飲食店の集積するかつては静岡市内で最も賑やかな通りであったが、娯楽としての映画の地位低下でやや賑わいが乏しくなっている。それでも石畳風の車道、大理石の歩道と整備されたけやき並木など、風格を保っている。静岡駅寄りの二丁目は飲食店の集積した静岡県内最大の歓楽街、銀座の発祥地である一丁目には衣料品店、雑貨店などが多い。糸魚川静岡構造線とは、親不知（糸魚川市）から諏訪湖を通って、安倍川（静岡市）に至る大断層線である。略称は糸静線（いとしずせん）。全長は140〜150kmで、北は長野県小谷村付近から南は山梨県櫛形市付近に達し、「北部」（神城断層、松本盆地東縁断層）、「中部」（牛伏寺断層、諏訪断層群、岡谷断層群、釜無山断層群）、「南部」（白州断層、下円井断層、市之瀬断層群）の3つの断層帯で構成される。
