後述の立ち木問題による暫定的な滑走路短縮に伴い、2009年8月27日の滑走路延長まではILSは使用されていなかったため、霧や雨などによる悪天候が原因で、欠航やダイバート（主に中部、羽田）が頻発し、2009年7月31日までの就航率は93.9%に留まった。ILSの運用開始後は、2010年3月6日まで、悪天候による欠航や到着地変更は起きなかった。開港後1年間での就航率は、98.5%と大幅に回復した。空港への離陸、着陸が10〜13時ころに集中しており、狭い駐機場と空港ターミナルが混雑する。定期便運航の遅延が発生するために、全日空は時刻の変更を余儀なくされた。このため、静岡県は駐機スポット増設工事を行うものとした。富士山静岡空港を応援するための個人会員組織である富士山静岡空港サポーターズクラブが、富士山静岡空港利用促進協議会により運営されている。 会員になるにはメールアドレスが必要で、会員登録をすることにより以下のような特典が受けられる。2009年9月12日より、静岡県の支援により県内主要駅からのアクセスバスの増便が図られた。
アクセスバスを運行するしずてつジャストラインと遠州鉄道に採算割れが生じた場合、一定の範囲内で県が補填する。富士山静岡空港利用促進協議会により、空港にカウンターを設けているレンタカー会社に、利用料金の割引費について最大3,000円まで支援が行われている。静岡県は空港運営会社に第三セクター方式による出資はせず、指定管理者制度等の枠組みを用いて空港の運営を民間会社に行わせる方針で、主に県内の民間企業12社の出資により設立された。牧之原市の西原茂樹市長は、富士山静岡空港株式会社への出資の意向を表明した。その後、富士山静岡空港株式会社側も経営に関与しないことを条件に牧之原市から出資を受け入れることを表明した。日本航空グループは2005年5月、静岡空港への乗り入れその他静岡空港の整備・利活用について協力することで静岡県と合意した。その後、2007年7月の全日空就航表明を受け就航路線便数について再検討した結果、同年10月31日になって静岡県と改めて覚書を交わすことで合意したとの発表を行った。
この中で静岡空港開港時から新規乗り入れを行うこと、予定路線および便数は静岡 - 札幌線1日1往復、静岡 - 福岡線1日3往復であることを明らかにした。当初、機材はマクドネル・ダグラスMD-90（クラスJ 18席・普通席132席）とエンブラエル170（普通席76席）を使用していた。静岡県は開港前の2008年度から運航に対する支援、補助のために6,000万円の予算を計上している。開港後も福岡便に対する搭乗率保証と、夜間駐機費用の一部を負担する。福岡便の搭乗率が70%を下回ると、その空席分を1席あたり15,800円、補助金として県が支払うことになる。川勝平太静岡県知事と日本航空の西松社長と会談で、川勝知事は搭乗率保証の廃止を正式に申し入れたが、西松社長は経営問題につながるとして、搭乗率保証の契約は破棄できないと表明した。日本航空は、福岡・札幌のすべての便を座席数の少ないエンブラエル170で運航することを決めた。なお、2010年3月31日をもって、静岡空港から運航の撤退をした。
なお、2010年4月1日から、福岡便、新千歳便ともに、フジドリームエアラインズの運航によるコードシェア便を飛ばしている。全日本空輸グループは、2007年7月に新千歳・那覇線へ各1便の就航を表明した。ANAの山元峯生社長は、2008年1月23日の記者会見で静岡 - 成田線の路線展開の可能性があると述べた。2008年4月22日、札幌、沖縄便の運航計画、ダイヤ、機材が公表された。沖縄、札幌を1往復するスケジュールでありボーイング737-500型機（126席）、またはボーイング737-700型機（120席）でエアーニッポンによる運航で就航している。日本航空に対する搭乗率保証などについて、全日空は不公平であると主張していた。静岡県は、沖縄便の着陸料を減免することとした。鈴与は2008年6月、静岡空港を拠点とする地域航空会社、フジドリームエアラインズ（FDA）を設立した。新千歳線と福岡線を各1日3便就航するとしていたが日航と全日空の同路線への就航表明を受け、競合する路線への就航を回避し仙台・成田・羽田・新潟・松山・小松・熊本・鹿児島など競合しない路線への就航を検討することとした。
2008年7月、小松、熊本、鹿児島へ2009年夏を目処にエンブラエル 170（76席）で就航させることを発表した。 2010年1月、同年4月1日から日本航空が撤退する札幌と福岡へ就航することを決定した。当初は、札幌1往復、福岡3往復とし、福岡線については、4往復化を図るものとしている。アシアナ航空は2007年8月8日、静岡県庁で静岡 - ソウル（仁川）線の1日1便の就航を正式に表明した。2008年6月27日、運航スケジュールを発表しエアバスA321-200（177席）にて定期便を運航することを公式発表した。なお、好調のため、2010年3月28日～10月30日の夏季ダイヤにおいて、毎週金曜日についてはボーイング767-300型（250席）での運航とした。中国南方航空は静岡県に対し、静岡 - 上海 - 北京と静岡 - 上海 - 広州の各路線への定期便運航を提案した。中国東方航空が上海便への就航申請をしたことから、静岡 - 大連 - 北京間の路線を検討していることが明らかとなった。フジドリームエアラインズ便利用客向けの静岡空港からJR掛川駅までを結ぶ無料アクセスバスを、静岡空港発着時間に合わせて1日6往復運行。
利用に当たっては予約は必要ないが、乗車時に搭乗券もしくは予約確認書の提示が必要。静岡空港直下を東海道新幹線が通過しているので新幹線新駅を空港に併設する構想があったが、これについてJR東海の須田寛相談役は「営業的には（新幹線新駅を）作った方がいいと思うが技術的に難しい」とコメントしている。また掛川駅と空港の位置が近接しすぎている為、これ以上新幹線の新駅を建設しても新幹線の運行ダイヤが確保しにくくなるなどの点でJR側は依然新幹線の静岡空港新駅の建設に対して消極的である。これらの事から静岡県議会は新駅の建設計画を凍結する形で推移している。2009年2月、静岡県議会で石川嘉延静岡県知事が空港の新幹線新駅に関して答弁するなど凍結したはずの新駅建設構想を蒸し返す動きを見せた。その後、静岡県知事となった川勝知事のもと、「静岡空港の魅力を高める有識者会議」が行われ、中長期的な課題として、新幹線新駅の実現が求められた。しずてつジャストライン「静岡エアポートライナー」富士山静岡空港静岡線のうち、静岡空港12:35発の便が清水港（日の出センター）にて、エスパルスドリームフェリー土肥港行きに接続。建設推進に関連する運動としては静岡県内の市町、市町議会、商工団体、業種団体等により「富士山静岡空港就航促進協議会」（旧・静岡空港建設促進協議会）が組織されている。
また、静岡県議会の知事与党会派（自由民主党、平成21、公明党）により県議会静岡空港利活用促進議員連盟が作られている。その他空港周辺地域の各種団体や周辺住民を主な構成員とする団体として「富士山静岡空港と地域開発をすすめる会」、「静岡空港一番機へ乗る会」、「静岡空港の早期開港をめざすはいばら女性の会」、「富士山静岡空港友の会」などがある。推進派の活動の中心は静岡県内の団体や賛成派住民である。
